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國定古蹟赤崁樓，在多數官方網址上皆指出，「原為荷蘭人所建」。然根據文獻資料顯示，今之赤崁樓是清末興建在荷蘭人紅毛樓基址上的海神廟，現在稱赤崁樓，是名實混淆、張冠李戴。(ETNEWS)
遠流出版近期推出的《解碼臺灣史1550-1720》中，作者中研院台史所副研究員翁佳音與文字工作者黃驗進行了史料考證，指出荷蘭人於1625年在赤崁建立市鎮（Stad Provintie，又譯普羅民遮），將商館及住宅區遷過來，同時拓展農業。爾後更發展成為第一個農墾區，也是重要的行政區。(ETNEWS)
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翁佳音指出，當時首任台灣長官宋克將赤崁命名Provintie，此字與英語Province（省）相同，意指台灣城堡、市街以外的行政省分，所以正確來說，這個行省應稱為「赤崁省」。1652年郭懷一事件後，荷蘭人在赤崁興建城堡（應稱為赤崁樓或赤崁城），以增強防禦。(聯合新聞)
1721年朱一貴起事，攻占赤崁樓，將城堡的鐵鑄門額拆下來打造兵器。翁佳音指出，後來赤崁樓因「頻年地震，屋宇傾盡，四壁陡立，惟周垣堅好如故」。這是因荷蘭人派駐在台的建築設計師學藝不精，導致赤崁樓像之前許多建築一樣，半個多世紀後就垮了。(聯合新聞)
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翁佳音指出，1884年清法戰爭之後，劉銘傳命台灣知縣沈受謙拆毀紅毛樓基地上的荷蘭建築，以杜絕法國侵台藉口，赤崁樓至此成為歷史。戰後，遷建引心書院至赤崁樓的基址上，改稱「蓬壺書院」，另建文昌閣、海神廟、五子祠、大士殿，形成中式建築群。今僅存文昌閣、海神廟、蓬壺書院門廳。(聯合新聞)
不僅名稱張冠李戴，兩位作者還指出當初建蓋赤崁城堡所在地的土地取得一事，也因時空的變化，而有了不同的記載。1625年荷蘭東印度公司以15匹棉布（cangan）向新港社人購買（新港人認係租借）赤崁的一塊地。在此建立市鎮，將商館及住宅區遷過來，同時拓展農業，爾後發展成第一個農墾區，也是重要的行政區。1685年蔣毓英《臺灣府志》說：荷蘭人誘騙赤崁的倭寇，借「約一牛皮地」，再將牛皮剪成細如繩縷，拉長圈匝成十數丈，以此圍成一大塊地。但在1764年印行的《重修鳳山縣志》，說荷蘭人原先向臺灣原住民（土番）借居，後來騙得一牛皮地，築臺灣城。「遭誘騙的主角，由漢人倭寇轉變為原住民。」(ETNEWS)